ChIA-PIPE: A fully automated pipeline for comprehensive ChIA-PET data analysis and visualization
ChIA-PET（ペアエンドタグによるクロマチン相互作用分析）は、特定のタンパク質因子が関与するクロマチン相互作用をゲノム全体の塩基対から発見する。 ChIA-PETデータの解釈には、堅牢な分析パイプラインが必要です。ここでは、ChIA-PETデータ処理、品質評価、視覚化、分析のための完全に自動化されたパイプラインであるChIA-PIPEを紹介します。 ChIA-PIPEは、リンカーフィルタリング、読み取りマッピング、ピーク呼び出し、ループ呼び出しを実行し、各データセットの品質管理評価を自動化します。 ChIA-PIPEは、可視化を有効にするために、JuiceboxとHiGlassを使用した2次元の接触マップ表示用の入力ファイルを生成し、ピークとループを高解像度でブラウザーベースで探索するための新しいドッキングされた可視化ツールを提供します。構造的解釈を可能にするために、ChIA-PIPEはクロマチン接触ドメインを呼び出し、対立遺伝子特異的なピークとループを解決し、エンハンサーとプロモーターのループに注釈を付けます。 ChIA-PIPEは、他の関連するクロマチンマッピングデータタイプの分析もサポートしています。

advances.sciencemag.org/cgi/content/short/6/28/eaay2078

2020/07/10