DORGE: Discovery of Oncogenes and tumoR suppressor genes using Genetic and Epigenetic features
腫瘍抑制遺伝子（TSG）や癌遺伝子（OG）を含む癌関連遺伝子をデータ分析による発見は、癌の予防、診断、および治療に不可欠です。エピジェネティックな変化は腫瘍の開始と進行に重要ですが、ほとんどの既知のドライバー遺伝子は遺伝的変化のみに基づいて同定されました。ここでは、包括的な遺伝的およびエピジェネティックなデータを統合することによってTSGおよびOGを識別するためのアルゴリズム、DORGE（遺伝的およびエピジェネティックな機能を使用した癌遺伝子および腫瘍抑制遺伝子の発見）を開発しました。 DORGEは、ヒストン修飾をTSGの強力な予測因子として特定し、ミスセンス変異、スーパーエンハンサー、およびメチル化の違いをOGの強力な予測因子として発見しました。独立した機能ゲノミクスデータを使用して、DORGEで予測された癌ドライバー遺伝子を広範囲に検証しました。また、DORGEで予測された二重機能遺伝子（TSGとOGの両方）が、タンパク質間相互作用と薬物遺伝子ネットワークのハブで濃縮されていることもわかりました。全体として、私たちの研究は腫瘍形成におけるエピジェネティックなメカニズムの理解を深め、これまで検出されていなかった癌ドライバー遺伝子を明らかにしました。
advances.sciencemag.org/cgi/content/short/6/46/eaba6784
2020/11/11
Science2548
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